《自然》杂志教你如何用软件管理参考文献
时间:2017-12-07

  自然杂志教你如何使用软件来管理你的参考 - 新闻 - 科学网络

  Adam Rocker并不期望为他的数字参考图书馆管理软件,以提供更好的研究方法。然而,他的电子文件系统ReadCube定期扫描图书馆并推荐一些相关的论文。这和一些音乐文件管理程序会强调推荐的轨道非常相似。摇杆说这个功能带来了一些惊喜。

  Rocker是一名正在加拿大渥太华大学攻读医学的研究生。他研究了斑马鱼细菌感染。当时,ReadCube推荐使用微流体诱导斑马鱼的文章。这比他自己的方法简单得多,但是Rocker通常不会阅读关于微流体的文献。他说,他提醒说,这项研究真的很有帮助,虽然这个方案最终并没有被采纳,因为它过于专注于自己的项目。

  正如Rocker发现的那样,今天的文件管理工具已经超越了简单的电子文件归档,而今天,每个工具都像瑞士军刀一样提供一系列不断演变的附加服务来吸引客户。

  几天前,Nature杂志专注于八个工具:Colwiz,EndNote,F1000Workspace,Mendeley,Papers,Read Cube,RefME和Zotero。他们都参与了文献管理市场的竞争,有的在简化浏览和建立文献库方面做得很好,有的则专注于创建书目,通过共享工作空间协助协作或推荐论文。

  驯服文件

  每个工具的存在都是为了帮助研究人员驯服下载的混杂和分散的PDF文件。大多数科学家都参与了这个问题:当他们抓取PDF文件名并将其大量转储到通常由来自期刊网站的字母数字代码指定的任何便利文件夹中,因为文件的多个副本遍布硬盘驱动器,混淆即将出现。

  在科学界,或者至少在我的经验中,我们往往最终在桌面上有一个包含3000个非常奇怪的PDF文档的文件夹。西班牙巴塞罗那Bellvitge生物医学研究所的神经病学家德拉加多 - 莫拉莱斯说。

  文件管理工具通过索引你的硬盘来解决这个问题。通常,将PDF拖放到应用程序窗口的过程触发软件尝试使用数字对象唯一标识符(DOI)或标题来识别它,并从在线服务器检索相关元数据,例如标题,关键字或作者姓名。

  研究人员还可以分配软件来监视存储文档的特定文件夹。然后,他们可以通过简单搜索作者姓名,关键字或在某些情况下搜索自己的标签来查找PDF。例如,德尔加多 - 莫拉莱斯(Delgado-Morales)使用论文来组织他的文档库来解决这个问题。纸张是基于用户选择的任何场景自动重命名文档的应用程序。其他工具也提供类似的功能,除了RefME。 RefME是一个网站和移动应用程序,只存储参考列表,而不是PDF本身。

  核心职能

  大多数工具可以帮助研究人员从各种在线资源中输入文件。许多浏览器插件提供了在PubMed和Google Scholar等应用程序中搜索外部数据库以及从期刊和其他网页上爬取文档数据的插件。

  弗吉尼亚州乔治梅森大学Zotero负责人Sean Takats说,Zotero成立于10年前,是一个免费的开源软件项目,旨在解决从Web浏览器中提取信息的问题。这是Zotero的一个关键功能,也是其他文档管理工具最强大的功能之一。 RefME使用智能手机的相机扫描条码,并提供不寻常的参考选项。

  参考管理软件最着名的特征之一是在研究论文中引用参考文献以及以任何形式创建参考书目。 EndNote是一个广泛使用的商业软件包,几十年来一直在提供这种功能,但目前正面临来自许多现代工具的竞争。

  许多工具与常用的文字处理软件进行交互,因此用户输入研究文章时可以通过简单地选择他们想要提及的文章来标记参考文献,然后单击按钮以将代码插入到文档中。然后,用户可以根据数千种期刊的风格从下拉列表中选择选项,以创建参考书目和文章参考。

  包括用于阅读和注释文章的内置PDF阅读器的大多数工具通常允许用户搜索评论和注释,以及基于云的能力来在iPad和桌面之间同步这些评论和PDF。例如,在ReadCube中,PDF中的引文和作者姓名可以作为活动超链接显示,从而可以直接访问被引用和发表的文章。在合作发布商的网站上查看并注释为PDF时,也可以使用相同的功能。

  在这些工具中,许多标识与图书馆特定条目相关的文章,或根据图书馆的整体内容推荐文章。类似于ReadCube,F1000Workspace使用一个算法来做到这一点。它还将利用约1000名专家提出的建议。但是,许多独立的软件产品也可以推荐论文。

  共享库

  目前,许多工具允许研究人员建立小组图书馆或与远程合作伙伴共享重要的论文,尽管这个过程是经过精心管理的,以防止出版者侵犯版权,例如,门德雷公共团体的人只能分享关于论文的信息,相当于图书馆目录的入口,只有私人群组的用户可以共享和编辑PDF,而群组必须升级到付费账户才能添加3人以上。

  明尼苏达大学组织心理学博士生布伦顿·维尔尼克(Brenton Wiernik)使用Zotero的共享图书馆合作开展涉及该领域文献的系统评价和元分析的合作项目,他表示,这样的工作可能涉及15到20人们:一些人将文章下载到共享库中,其他人则阅读;当然,更多的人负责添加注释和标签以及记录关键数据。

  根据Wiernik的说法,这个过程与使用共享云存储文件夹类似,Zotero可以跟踪和保存元数据,注释和注释。例如,研究人员可以使用特殊的标签来表明他们正在写一篇文章,告诉合作者处理不同的文章,以避免重复工作。

  F1000Workspace和colwiz都扩展了共享功能,以准备草稿和管理项目。 F1000Workspace的产品开发经理Joao Peres表示,通过这个工具,研究人员可以使用插件将Microsoft Word草稿上传到一个安全的位置,以便团队成员可以对共享副本进行评论,尽管文本无法在浏览器。佩雷斯计划实施一键式文章提交,从F1000Research期刊开始直接从F1000Workspace发送文章到期刊编辑。 Colwiz还允许用户将文件共享到在线驱动器上供团队成员查看和评论。

  鉴于这些工具的高度重迭的特点,用户的选择往往是由于个人的特定偏好,例如,加利福尼亚桑迪亚国家实验室的材料科学家Richard Karnesky支持Zotero的开源精神。

  也许使用文档管理工具的最好理由是这种技术可以提供一种可搜索内存的形式。礼来公司高级研究科学家博伊德·斯蒂尔(Boyd Steere)说,想象一张装满印刷文件的桌子。今天,充满PDF文件的电子文件夹在很多方面都不容易操作。然而,利用数字参考管理工具,隐藏知识与被发现之间只有一个关键字搜索距离。 (宗华)

  中国科学通报(2015-11-26第3版国际)

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  自然报告(英文)